Badan Narkotika Nasional merupakan lembaga vertikal yang memiliki perwakilan di daerah  yang disebut Badan Narkotika Nasional Kota. BNN Kota Banjarmasin merupakan perwakilan BNN yang berlokasi di Jl. Pangeran Hidayatullah Kelurahan Banua Anyar Kecamatan Banjarmasin Utara Kota Banjarmasin Kalimantan Selatan.

Berdasarkan Peraturan Daerah Kota Banjarmasin Nomor 28 Tahun 2008 tentang organisasi dan tata kerja pelaksana harian Badan Narkotika Kota (BNK) Banjarmasin, pelaksana harian Kota Banjarmasin merupakan lembaga lain sebagai bagian dari perangkat daerah yang pembentukannya ditetapkan dengan Perda. Pelaksana harian BNK tersebut merupakan unsur penunjang yang berkedudukan dibawah dan bertanggungjawab kepada ketua BNK Banjarmasin (wakil walikota Banjarmasin) dan mempunyai tugas pokok memberikan dukungan teknis, administratif, dan operasional yang menangani masalah P4GN, psikotropika, dan bahan adiktif lainnya.

Sejalan dengan hal tersebut di atas, organisasi pelaksana harian BNK Banjarmasin terdiri dari:

1. Kepala Pelaksana Harian BNK Banjarmasin
2. Sekretaris Pelaksana Harian BNK Banjarmasin
3. Seksi Pencegahan
4. Seksi Penegakan Hukum
5. Seksi Terapi dan Rehabilitasi
6. Seksi Data dan Informasi

Sejalan dengan hal tersebut, maka pada tahun 2011 Perda Kota Banjarmasin tentang Struktur Organisasi Tata Kelola (SOTK) BNK Banjarmasin dinyatakan tidak berlaku lagi sesuai dengan Peraturan Daerah Kota Banjarmasin Nomor 26 Tahun 2011 tentang pencabutan Peraturan Daerah Nomor 28 Tahun 2008 tentang SOTK BNK Banjarmasin. Hal itu disebabkan karena berlakunya Undang-Undang Nomor 35 Tahun 2009 tentang Narkotika sebagai pengganti Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1997 dan Peraturan Presiden Nomor 23 Tahun 2010 tentang Badan Narkotika Nasional (BNN), serta Peraturan Presiden Nomor 83 Tahun 2007 tentang BNN, BNNP, BNNKab/Kota, maka itulah yang menjadi dasar lahirnya Badan Narkotika Nasional Kota Banjarmasin, dan didukung oleh Peraturan Presiden Nomor 23 Tahun 2010 tentang BNN serta Peraturan Kepala BNN RI No. 4 pada Tahun 2010 tentang SOTK BNNP dan BNNKab/Kota secara langsung menjadi instansi vertikal. Berdasarkan hal tersebut, maka BNN Kota Banjarmasin resmi dibentuk pada bulan November 2011 sampai dengan sekarang.

Badan Narkotika Nasional Kota Banjarmasin sebagai instansi vertikal Badan Narkotika Nasional di daerah Kota Banjarmasin, BNN Kota Banjarmasin mempunyai tugas dan fungsi melaksanakan Pencegahan dan Pemberantasan Penyalahgunaan dan Peredaran Gelap Narkotika (P4GN) di Kota Banjarmasin. Badan Narkotika Nasional Kota Banjarmasin melakukan koordinasi dengan pihak terkait yang berada dilingkungan Kota Banjarmasin baik dilingkungan pemerintah maupun swasta untuk menyatukan visi dan misi dalam memerangi pengedaran gelap narkotika di Kota Banjarmasin.